En av krigets konsekvenser var de flyktingströmmar som uppstod. Från det som kom att bli Israel flydde eller fördrevs, enligt FN:s statistik, cirka 720 000 araber. Det var inget som den israeliska ledningen hade planerat, utan skedde som en följd av kriget. Den arabiska befolkningen som befann sig i Israel och som flydde gjorde det av olika skäl. Stora delar av den palestinska över- och medelklassen lämnade Israel innan kriget hade brutit ut i förhoppning om att kunna återvända när Israel var besegrat. Det fanns också palestinier som blev fördrivna och andra som valde att fly när kriget ryckte allt närmare deras by.
De palestinska flyktingarnas tillflyktsorter blev främst Gaza/Egypten, Väst- banken/Jordanien, Syrien och Libanon. Endast i Jordanien tilläts flyktingarna erhålla medborgarskap. I de andra länderna kom de att förbli flyktingar. De har varit hänvisade till speciella läger som fortfarande finns kvar. Cirka 150 000 palestinier stannade emellertid kvar i Israel och blev israeliska medborgare. Idag uppgår den arabiska andelen av Israels befolkning till över en miljon, eller 20 procent av befolkningen.
Efter Självständighetskriget fanns inga judar kvar (bortdrivna) i Gamla Jerusalem eller på Västbanken. Den andra judiska flyktingströmmen initierades av arabvärlden under och efter kriget 1948. På grund av förföljelser i arabvärlden mot den judiska befolkningen såg sig 870 000 judar, från 1940-talet och framöver tvungna att fly därifrån. I Irak, där de grövsta övergreppen skedde, blev det exempelvis belagt med dödsstraff att vara anhängare av sionismen. Det stora flertalet (närmare 600 000) av de judiska flyktingarna flydde till Israel och blev israeliska medborgare.
Flyktingproblematiken hade blivit en djupt infekterad politisk fråga. Israel har påtalat att de judiska och arabiska flyktingströmmarna varit ungefär lika stora. Alltså, menade israelerna, borde de arabiska länderna agera som Israel, omhänderta sina flyktingar och ge dem medborgerliga rättigheter. Arabländerna höll inte med och krävde att de palestinska flyktingarna skulle tillbaka till Israel. Israel erbjöd sig att ta emot 100 000 palestinska flyktingar på villkor att de arabiska länderna ingick fredsavtal med Israel. Även detta förslag sade de arabiska ledarna nej till.
De arabiska ledarnas grundinställning var att det arabiska folket inte var orsaken till att judarna förföljts i Europa. Det var därför inte rätt att araberna skulle avstå land för att ge plats för en judisk stat. Beträffande krigsutbrottet 1948 menade arabledarna att Israel bar huvudansvaret, liksom för de palestinska flyktingarnas situation. Flyktingarna skulle därmed tillbaka till Israel.
I december 1948 antog FN:s generalförsamling resolution 194. Resolutionen innehöll ett antal artiklar, de mest omtalade är 7, 8, 9 och 11. Artiklarna 7 – 9 fastslog att de heliga platserna i Palestina skulle vara tillgängliga för alla samt att Jerusalem skulle vara en öppen stad under FN:s kontroll. I den elfte artikeln framhålls att de flyktingar som ville återvända och leva i fred med sina grannar skulle få göra det så fort det var praktiskt möjligt. De som inte återvände hade rätt till kompensation. Arabstaterna röstade emot resolutionen, eftersom de ansåg att den innebar ett erkännande av Israel och resolution 194 antogs aldrig av Säkerhetsrådet och blev därför inte bindande. Däremot antog Säkerhetsrådet år 1967 en förpliktande resolution, 242, som bland annat behandlade flyktingproblematiken. Resolutionens formuleringar kring de palestinska flyktningarna är vaga och säger endast att lösningen skall vara rättvis. Ingen hänvisning till resolution 194 görs.
Den palestinska flyktingfrågan är ännu idag olöst och återkommer vid varje fredsförhandling mellan israeler och palestinier. Det finns ytterligare skäl till att flyktingfrågan har varit svår att hantera, nämligen den omständighet att den palestinska flyktingstatusen går i arv. Definitionen på en palestinsk flykting är en person som bodde i Palestina mellan 1 juni 1946 och 15 maj 1948 och som både förlorade sitt hem och sina möjligheter till försörjning på grund av 1948 års krig. Men även ättlingar vars fäder eller farfäder uppfyllde villkoren betraktas som flyktingar. Klassificeringen av palestinska flyktingar skiljer sig därför från de definitioner som gäller för andra flyktingar. Eftersom flyktingfrågan förblivit olöst och på grund av sättet att beräkna antalet flyktingar uppgår den palestinska flyktingbefolkningen idag till nära fyra miljoner.
Israel med nästan sju miljoner invånare anser att landet omöjligt kan ta emot fyra miljoner palestinska flyktingar inklusive deras ättlingar. Israelerna menar att det är mer rimligt att de palestinska flyktingarna vid bildandet av en palestinsk stat bör ingå som medborgare i den nya stats- bildningen. Ett annat argument som anförs är att Israel, i likhet med andra stater, är i sin fulla rätt att själv avgöra sin invandringspolitik och vem eller vilka som ska bli israeliska medborgare.
